Согласно Федеральному закону Российской Федерации от 29 декабря 2020 г. № 466-ФЗ "О территориальной юрисдикции гарнизонных военных судов" юрисдикция Ярославского гарнизонного военного суда распространяется на воинские части, учреждения Вооруженных Сил Российской Федерации, другие войска, воинские формирования и органы, дислоцируемые на территориях Ярославской области и Костромской области.